Расчет стоимости проектно-изыскательских работ / Процент по разделам по осгласованию с заказчиком  

Можно ли "распределение стоимости основных проектных работ по разделам" при расчете проекта делать не по сборнику, а по согласованию с заказчиком?

Относительное распределение стоимости основных проектных работ по разделам проектной документации носит рекомендательный характер, и может уточняться проектной организацией в пределах общей стоимости по сложившейся в проектной организации структуре. Таким образом, с заказчиком вы должны не согласовывать, а убеждать его в том, что в вашей организации другие %. А когда убедите – согласуете стоимость.

Понятно. А на основе какого документа данное утверждение? 7 изменения?

Сначала смотрите п. 11 раздела I в "Общих указаниях по применению сборников базовых цен ...", а затем, например в 20 сборнике, Приложение А, а точнее  "А.3 Распределение стоимости основных проектных работ по разделам проекта определяется по таблицам данного приложения и может уточняться проектной организацией в пределах общей стоимости по сложившейся в проектной организации структуре.
В таком же порядке может быть определена относительная стоимость других видов проектных работ, не выделенных в таблицах относительной стоимости."